登记机关撤销行政许可要根据不同的类型、不同的原因办理。
一是区分是属于行政处罚的撤销还是行政纠错的撤销。
二是如果属于行政纠错的撤销，还要区分是属于许可人的原因、被许可人的原因还是许可利害关系人的原因撤销，根据不同情形适用不同的法律程序办理。
撤销行政许可一般按下列方法办理：
(1) 工商行政管理机关内部应该按照分工要求，转各承办机构承办．
(2）承办机构接到转办后，填写《立案表》由机构负责人指定两名承办人员具体办理。
(3）承办人员依据职权对相关事实进行调查，收集相应的证据材料。
(4）承办人员根据调查以及收集的证据材料，撰写调查终结报告，制作《审批表》，对应当撤销行政许可行为的，提出听证告知的意见，连同相应的调查取证材料，经承办机构负责人审批后，报分管局长批准。
(5）承办人员应当制作听证告知书，送达被许可人二被许可人要求听证的，由承办机构参照《行政处罚听证规定》组织听证，并制作听证报告。被许可人放弃听证或者听证认为应当撤销行政许可的，经分管局长批准，承办机构制作《撤销行政许可决定书》，送达被许可人。利害关系人请求撤销行政许可的，还应当向利害关系人送达《撤销行政许可决定书》
(6）承办机构应当自《撤销行政许可决定书》生效之日起两个工作日内将《调查终结报告》以及《撤销行政许可决定书》送交行政许可机构，由行政许可机构具体操作，并在“企业登记数据库中完成相关数据的记录。
(7) 被许可人按照《撤销行政许可决定书》规定的时限到原登记机关办理注销手续，应当按照法律、法规规定提交文件、证件，缴回许可证件。
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