总公司签合同可以由分公司收款开票吗？首先我们要肯定的一点是，总公司签合同，分公司开发票收款不可以。分公司不具有独立法人资格，没有签订合同的资格，合同主体的权力是总公司，发票也要由总公司来开具。总机构未设在国家境内的公司，则不属于国家税收上的居民公司，仅承担对国家的有限纳税责任。
但以下两种情形，总公司签合同是可以由分公司开票收款的。
情形一：
假如你是建筑企业，根据国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告规定，建筑企业与发包方签订建筑合同后，以内部授权或者三方协议等方式授权集团内其他纳税人以下称第三方为发包方提供建筑服务，并由第三方直接与发包方结算工程款的，由第三方缴纳增值税并向发包方开具增值税发票。与发包方签订建筑合同的，建筑企业不缴纳增值税，发包方可凭实际提供建筑服务的纳税人开具的增值税专用发票抵扣进项税额。也就是说，建筑企业的建筑服务可以由总公司签订合同，分公司收款并开具发票。
情形二：
其他类型企业通过查询税务法律法规，未查到除建筑服务以外的项目由总公司签订合同，可以授权分公司开票的相关规定。
那该怎么做呢？
一、对于其服务要理清合同关系，由甲方与分公司签订合同，由分公司开具发票并收款，做到三流一致。
二、如果甲方不同意跟分公司签合同，不同意将资金汇入分公司账户，或者一些集团公司出于管理的需要，不允许分公司独立签订合同，建议由甲方总公司及分公司签订三方合同，合同约定由分公司执行合同，并由分公司开具发票并办理财务结算等相关手续。
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